E-Cell System 4.0 をリリースしました

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本日我々は細胞シミュレーションプラットフォーム E-Cell System のメジャーアップデートとなるバージョン4.0をリリースしました。

今回のアップデートではこれまでの特色(細胞シミュレーションのためのマルチアルゴリズム実装)に下記が加わりました。

  • 超高性能の計算手法「enhanced Greens Function Reaction Dynamics(eGFRD)法」の追加
  • ウェブブラウザで操作が可能な計算科学者の実験ノート「Jupyter Notebook」を用いたインタラクティブなシミュレーションと可視化
  • プログラミング言語「Python」の構文としても有効な表現力の高いルールベース法を用いた生化学反応モデリング

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詳細は E-Cell4のドキュメントサイト をごらんください。
E-Cell Systemはオープンソースのソフトウェアとして Github で開発を行っておりどなたでもご参加いただけます。

生命科学実験の自動化とネットワーク化に向けたワークショップを開催しました

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生命科学の未来はロボットによる自動化とネットワーク化にあります。

料理レシピのネットワーク化で先行するクックパッド社本社でワークショップを行い、ロボット化や実験プロトコルマークアップ言語(ML)、またML設計に鍵を握るプロセスオントロジーなどについて熱い議論を交わしました。

実験ロボットを開発する産総研の夏目徹氏や実際にロボット実験を行っている九州大の松本雅記氏、またクックパッド社の取り組みを紹介した根岸義輝氏のほか、システム生物学の分野で数々の国際標準化に関わってきたSony CSL・SBIの北野宏明氏、Garudaプラットフォームを開発するSamik Ghosh氏、元IBM基礎研所長で現在統計数理研究所にてPFI社顧問なども務める丸山宏氏、プロセスオントロジー分野の第一人者である立命館の來村徳信氏、さらにライフサイエンス統合データベースセンターでセマンティック・ウェブ研究を行う片山俊明、太田達郎両氏などが話題提供しました。

生命科学の歴史を変える一日になったと思います。

汎用ヒト型ロボット活用研究会ワークショップ

「汎用ヒト型ロボット活用に向けたデータサイエンス」

日時: 2015年9月5日(土)13:00-18:00

於: クックパッド本社(恵比寿ガーデンプレイスタワー12F)

主催: 一般社団法人研究産業・産業技術振興協会

後援: 理化学研究所生命システム研究センター

オーガナイザー: 谷内江望(東大)、高橋恒一(理研)

13:00-13:20 夏目徹先生(産業技術総合研究所)

ロボットと人工知能が拓くサイエンスの未来

13:25-13:45 根岸義輝先生(株式会社クックパッド)

クックパッド社の取り組み

13:50-14:20 松本雅記先生(九州大学)

大規模ターゲットプロテオミクスによるヒトタンパク質絶対定量

14:25-14:55 北野宏明先生(システム・バイオロジー研究機構、ソニー、理化学研究所、沖縄大学院大学)

Creating Standards: Experiences from VRML, SBML, SBGN, RoboCup, and Garuda Platform

15:00-15:20 Samik Ghosh先生(システム・バイオロジー研究機構)

Garuda Platform: Re-imagining connectivity

15:25 休憩

15:40-16:10 丸山宏先生(統計数理研究所)

IoTとビッグデータ

16:15-16:45 來村徳信先生(立命館大学)

生命科学実験におけるプロセスオントロジーの利用

16:50-17:10 片山俊明先生(ライフサイエンス統合データベースセンター)

生命科学におけるセマンティック・データの構築と活用への期待

17:15-17:35 太田達郎先生(ライフサイエンス統合データベースセンター)

Semantic Wet Lab Project in BioHackathon – Publishing Research Protocols

17:40-18:00 ディスカッション

18:00- 懇親会

E-Cell Sprint 2014 @ IPC生産性国際交流センター

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8月31日から9月4日の5日間に亘って第3回E-Cell Sprint を神奈川県 葉山 IPC生産性国際交流センターで行いました。

毎夏のE-Cell Sprintは、日々の研究生活や大学生活では中々まとまって時間が取れないプログラミングプロジェクトを皆で5日間缶詰になり楽しく達成する会です。

今年度は理研、慶應、早稲田、東大、京大、東工大、北大といった大学から参加があり、総勢約40がシステムズバイオロジーに関わる各プロジェクトを完遂しました。E-Cell の開発に大きな進展があっただけでなく、今年度は全脳アーキテクチャ勉強会に関連したプロジェクトも加わり幅広い分野の成果がありました。

Sprintについてや成果のまとめなど、詳細は E-Cellの公式ブログ をご参照ください。

海津一成が第5回理研研究奨励賞を受賞しました

当研究チームの海津一成基礎科学特別研究員が第5回 理研 研究奨励賞を受賞し野依理事長から賞状を手渡されました。胸ポケット周辺のハズし具合が安定したファッションテクを感じさせます。

理化学研究所研究奨励賞は、活発な研究活動もしくは研究支援活勤を行い、優れた研究成果及び顕著な貢献のあった若手の研究者に対して贈られる賞です。

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PyCon APAC 2013

研究チーム主宰者の高橋がPyCon APAC 2013にて発表を行いました。

PyCon APACはC++と並びE-Cell Systemのメインプログラミング言語の一つであるPython言語の国際会議で、主にアジア太平洋地域を対象としたものです。

この他にE-Cell プロジェクト関係者からE-Cell以外の話題で2件の口頭発表がありました。

発表の内容はYouTubeにて御覧頂けます。

E-Cell Sprint 2013 @ SFC

9月7日から11日の5日間に亘ってE-Cell hackathon 改め第二回E-Cell Sprint を慶應大学湘南藤沢キャンパスで行いました。

毎夏恒例となりつつあるE-Cell Sprintは、日々の研究生活や大学生活では中々まとまって時間が取れないプログラミングタスクを皆で5日間缶詰になり楽しく達成する会です。

今年度は理研と慶應大学だけでなく、北大、京大、東工大、ICUといった大学からも参加があり、総勢約30名ほどが楽しくプログラミング漬けとなって楽しみました。現行版E-Cell 3および開発版E-Cell 4の開発に大きな進展があっただけでなく、大腸菌全ゲノムシミュレーションに向けたゲノムシミュレーター開発のキックオフも行うことが出来ました。

また、流し素麺とバーベキュー、コーヒー好き有志による深夜の丹沢へ命がけの水汲み、スポンサーのE-Cellコンソーシアム大盤振る舞いによる最終日の豪華なディナーなど、ナイトライフも充実していました。

Sprintについてや成果のまとめなど、詳細は E-Cellの公式ブログ にて随時更新する予定ですのでこちらをご参照ください。

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